Prírodou inšpirované algoritmy

Inštalácia simulátora GeNeSiS

Podkapitoly:

Inštalácia

GeNeSiS je softvérový balík, určený na simuláciu reálnych neurónov, resp. ich sietí. Bol vyvinutý na California Institute of Technology. Zoznam ľudí, ktorí sa podieľali na vývoji tohoto produktu a licenčné podmienky na jeho používanie môžete nájsť tu. Základnú dokumentáciu (referenčný manuál) a najnovšiu verziu softvéru nájdete na WWW stránke GeNeSiS alebo na anonymnom ftp servri GeNeSiS. V kapitole Literatúra a linky nájdete ďalšie linky, ktoré súvisia s neuromodelovaním a balíkom GeNeSiS.

Balík je distribuovaný vo forme zdrojových kódov. Po ich stiahntí ich musíte rozbaliť a preložiť do spustiteľného formátu. Operačné systémy, na ktorých softvér určite "pobeží" sú: SunOS 4.1.x, Solaris 2.x (SunOS 5.x), SGI IRIX 4.x, SGI IRIX 6.x, Ultrix 3.x, Ultrix 4.x,Linux 1.2.x a vyšší, FreeBSD 4.1, HPUX, IBM AIX 4.x. Ako vidno jedná sa o najrôznejšie klony UNIX-u, takže by mal softvér bežať na akomkoľvek UNIX-e resp. jeho klone. V tejto podkapitole je popísaná inštalácia GeNeSiS verzia 2.2.1 pre OS Debian/GNU Linux a Gentoo Linux.

Predtým, než začnete inštalovať, mali by ste mať nainštalovaný prekladač jazyka C, bison, flex, systémové knižnice, knižnicu ncurses, knižnice grafického prostredia XFree86, no a samozrejme i hlavičkové súbory. Viac si o nutných prerekvizitách môžete prečítať v súbore genesis/src/README.

Z vyššie uvedených adries stiahnite súbor genesis2.2.1.tar.gz. Je to archív zdrojových textov a dokumentácie. Archív rozbaľte do nejakého adresára (môže nim byť napr. adresár pre dočasné súbory /tmp) pomocou príkazu tar takto:

Nastavte sa do adresára, v ktorom sú zdrojové texty softvéru t.j. cd /tmp/genesis/src. Ak používate OS Linux, stiahnite si súbor genesis-2.2.1_Makefile.linux.gz a rozbaľte ho napr. takto:

Ak používate iný OS ako Linux, urobte si kópiu súboru Makefile.dist a to takto:

V tomto súbore sú uložené pravidlá, ktoré spracováva program make a podľa nich zostavuje balík, tzn. že je tu popis ako preložiť zdrojové texty, kam nakopírovať spustiteľné súbory, knižnice atď. Ak nepoužívate OS Linux, budete si musieť upraviť Makefile vlastnoručne. Súbor je však veľmi dobre okomentovaný, takže sa v ňom hravo zorientujete. Ak používate prekladač gcc >= 3.0 môžete zapnúť voľby pre generovanie mmx, sse, sse2, 3dnow inštrukcií (viď riadok 894 v súbore Makefile). Nepoužívajte optimalizačné voľby -O3 a -ffast-math, pretože Vám GeNeSiS po spustení môže "padať".

Predposledný krok, ktorý musíte urobiť je samotné "vybudovanie" balíka, takže do príkazového riadku napíšte:

Po niekoľkých minútach (to závisí od rýchlosti Vášho procesora a veľkosti operačnej pamäte) máte GeNeSiS "vybudovaný". To spoznáte podľa hlášky: Full GENESIS Compiled -- All Done. V prípade, že proces kompilácie skončil inou hláškou, skúste do príkazového riadku napísať:

a prezrite si súbor make.out (napr. more make.out), aby ste zistili, kde "výroba" balíka zhavarovala a mohli tak chybu odstrániť. Najkôr Vám však bude chýbať nejaká knižnica, či hlavičkový súbor. Viac o sa odstraňovaní chýb počas kompilácie dočítate v genesis/src/README.

Posledný krok, ktorý musíte urobiť je nainštalovať GeNeSiS, takže do príkazového riadku napíšte:

Ak ste použili genesis-2.2.1_Makefile.linux.gz , celý balík sa nainštaluje do adresára /usr/local/genesis, samozrejme musíte mať právo zapisovať do adresára /usr/local. To je všetko, čo sa týka inštalácie.

Pred samotným spustením softvéru si stiahnite súbory genesis-2.2.1_simrc.gz a genesis-2.2.1_loader.gz, rozbaľte ich nasledovne:

Presvedčte sa, či sa adresár /usr/local/bin nachádza v premennej $PATH (napr. takto: echo $PATH), ak nie, do súboru .bashrc (alebo podobného, ak používate iný interpret príkazov) vo svojom domovskom adresári pridajte nasledovný riadok:

To je už naozaj všetko. Teraz môžete spustiť GeNeSiS príkazom genesis a objaví sa vám textová konzola, podobná tej z MATLAB-u alebo OCTAVE-u.