Prírodou inšpirované algoritmy

Nastavenie prepojení

Po nastavení k nasleduje nastavenie prepojení. Tu musíte určiť, výstupy ktorých prvkov budú na tieto vstupy napojené. Prvý dialóg týkajúci sa nastavenia prepojení máte možnosť vidieť na nasledujúcom obrázku. Pomocou voľby s môžete zadať špeciálne siete ako napríklad ľubovoľnú booleovskú sieť s 1D, 2D alebo 3D priestorovým usporiadaním prvkov a rôznymi spôsobmi generovania. Pomocou l môžete nahrať predtým vytvorené prepojenia zo súboru. Voľba r vygeneruje náhodné prepojenia. Voľby 3, 2 a predvolená voľba sú pre zadávanie rovnomerných prepojení (CA) s 3D, 2D alebo 1D usporiadaním. Zadajte s pre generovanie špeciálnych prepojení.

Pre účel simulácie modelu živej bunky nie je potrebné 2D alebo 3D usporiadanie prvkov, preto v nasledujúcom dialógu (viď obrázok nižšie) zvoľte 1D (voľba ENTER).

Teraz sa Vám objaví dialóg, znázornený na nasledujúcom obrázku, v ktorom máte možnosť voľby medzi ručný zadávaním prepojení (voľba h), pravidelnými prepojeniami pre 1D usporiadanie (voľba 1) a a náhodným generovaním prepojení (ENTER). Zvoľte prosím prednastavené náhodné generovanie.

Program Vám poskytne možnosť ovplyvniť náhodné generovanie niekoľkými spôsobmi. Postupne je to (viď nasledujúci obrázok):

1. obmedzenie prepojení na nejaké okolie prvku (ale pre tento experiment to nie je potrebné),
2. generovanie rovnomerných prepojení ako u CA (c) (nežiadúce; stlačte ENTER),
3. náhodné vypustenie niektorých prepojení z nejakej oblasti z doteraz vygenerovaných prepojení (v experimente nepotrebné),
4. potlačenie periodického ohraničenia (s) (manuál sa o tejto funkcii nezmieňuje, takže voľba je nežiadúca),
5. vylúčenie všetkých prepojení prvkov samých na seba (2) alebo zámerné prepojenie každého prvku so samým sebou (1) (vyberte 2, aby v bunke prítomnosť nejakej látky neovplyvňovala prítomnosť samej seba),
6. vylúčenie rovnakých vstupov (n) (vhodné pre model - dva rovnaké vstupy by nemali význam),
7. rovnaký počet výstupov a vstupov pre každý prvok (e) (taktiež nepotrebné).

To by bolo k ovplyvneniu náhoného generovania asi všetko, teraz Vám DDLab ponúkne dialóg (znázorný je na obrázku nižšie), pomocou ktorého môžete prezerať i upravovať prepojenia. Voľba M slúži na prezeranie prepojení, m otvorí okno, v ktorom sa dá matica prepojení ešte dodatočne upravovať. Ďalšie voľby sa týkajú grafického zobrazenia prepojení siete. Voľba g vyvolá vykreslenie grafu siete s rôznymi možnosťami zobrazenia. 1 zobrazí 1D mapu prepojení pre jeden prvok; pomocou kurzorových kláves sa dá prechádzať po jednotlivých prvkoch. Voľba c predstavuje zhruba to isté, ale prvky sú vykreslené na kružnici. Pri voľbe 2 sú prvky vykreslené v dvojrozmernom poli. Prvý riadok obsahuje informáciu o tom, že v tomto bode máte hotové iba prepojenia, chýbajú Vám ešte pravidlá.

Pozrite sa teraz na maticu prepojení (viď obrázok dole), zadajte M.Riadky matice predstavujú prvky od najvyššieho indexu po najnižší, stĺpce predstavujú vstupy. Napríklad prvý riadok matice hovorí, že do prvku číslo 19 vstupujú výstupy prvkov 15, 14 a 17. V zelenom stĺpci naľavo od matice sú zapísané výstupné stupne príslušných prvkov (napríklad z 19. prvku vystupujú 2 výstupy). Pomocou voľby l môžete nastaviť šírku okna s maticou prepojení, pomocou f môžete prepínať medzi dvoma veľkosťami písma a zadaním čísla môžeme vypísať maticu od určitého prvku (vhodné pre veľké siete).

Maticu môžete po zadaní m (v predchádzajúcom dialógu) ručne upravovať a keď už budete s prepojeniami spokojní, môžete pokračovať zadávaním pravidiel.